Η ανώτερη διοίκηση του πανεπιστημίου αποτελείται από τον Πρύτανη, τον Αντιπρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων, τον Αντιπρύτανη Οικονομικού Προγραμματισμού, και τον Αντιπρύτανη Εγκαταστάσεων και Διοικητικού Προσωπικού.

Κάθε Σχολή διοικείται από τον Κοσμήτορα.

Η Σύγκλητος Διδασκόντων (ΣΔ) αποτελείται από ένα μέχρι τρία μέλη ΔΕΠ ανά τμήμα, ανάλογα με το μέγεθος τους. Όταν είναι περισσότεροι από ένας, οφείλουν να ανήκουν σε διαφορετικές καθηγητικές βαθμίδες. Οι εκπρόσωποι ενός τμήματος στη ΣΔ εκλέγονται από τη Γενική Συνέλευση για θητεία 3 ετών. Στη ΣΔ επίσης συμμετέχει και ο διευθυντής της Βιβλιοθήκης. Η ΣΔ είναι η «φωνή» των μελών ΔΕΠ του ιδρύματος και συμμετέχει στη διοίκηση του. Διαβουλεύεται σε θέματα που απασχολούν το ίδρυμα και έχει δικαίωμα να ενημερώνεται για αυτά από την ανώτερη διοίκηση.

Η Σύγκλητος Φοιτητών αποτελείται από τα προεδρεία των προπτυχιακών φοιτητικών συλλόγων κάθε τμήματος. { Μήπως πρέπει να λαμβάνεται υπόψη το μέγεθος του κάθε τμήματος; } Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές συγκροτούν τη δική τους Σύγκλητο.

Το Πρυτανικό Συμβούλιο αποτελείται από τον Πρύτανη, τους αντιπρυτάνεις, τους κοσμήτορες των σχολών, δύο εκπροσώπους της Συγκλήτου Διδασκόντων και δύο εκπροσώπους της Συγκλήτου Φοιτητών (έναν προπτυχιακό και ένα μεταπτυχιακό φοιτητή).

Ο εσωτερικός κανονισμός του ιδρύματος μπορεί να προβλέψει επιπλέον διοικητικές θέσεις καθώς και συλλογικά όργανα ή επιτροπές με τρόπο συμβατό με το πνεύμα και τις διατάξεις του παρόντος νόμου. Επίσης μπορεί να τροποποιήσει σε κάποιο βαθμό το διοικητικό σχήμα που προτείνεται στο νόμο αυτό.

{ Εδώ χρειάζεται ευελιξία. Άλλα σχήματα και καταμερισμοί ευθυνών μπορεί να είναι πιο αποτελεσματικά. Επίσης, τα πανεπιστήμια έχουν διαφορετικές διοικητικές ανάγκες ανάλογα με το μέγεθος τους. }

Ο πρύτανης, οι αντιπρυτάνεις, και οι κοσμήτορες αξιολογούνται μέσω ερωτηματολογίου ξεχωριστά από τα μέλη ΔΕΠ και φοιτητές ανά δύο χρόνια. Τα αποτελέσματα της αξιολόγησης δημοσιοποιούνται και κοινοποιούνται στο ΣΕ του ιδρύματος, στο ΕΣΤΕ και στο Υπουργείο Παιδείας.