Το ΥΠΕΠΘ έχει τη συνολική εποπτεία των πανεπιστημίων αλλά δεν επεμβαίνει στα εσωτερικά τους. Συγκεκριμένα έχει μεταξύ άλλων τους εξής ρόλους:

α) Προτείνει τα περισσότερα από τα μέλη των Συμβουλίων Επιτρόπων, τα οποία πρέπει να εγκριθούν με αυξημένη πλειοψηφία από τη Βουλή.

β) Αποφασίζει για τη δημιουργία νέων πανεπιστημίων μετά από γνωμοδότηση του ΕΣΤΕ και της Συνόδου των Πρυτάνεων. Η δημιουργία νέου πανεπιστημίου αρχίζει με την εκλογή Συμβουλίου Επιτρόπων και την επιλογή Πρύτανη από αυτό.

γ) Καθορίζει το ποσό της χρηματοδότησης των ιδρυμάτων με κριτήρια που αυτό επιλέγει

δ) Διατηρεί το δικαίωμα να ενημερώνεται για οποιοδήποτε θέμα και να κάνει οικονομικό έλεγχο για τον τρόπο διάθεσης της κρατικής χρηματοδότησης

ε) Διατηρεί το δικαίωμα να προβαίνει σε αξιολόγηση των ιδρυμάτων συνολικά ή και κάθε τμήματος αυτών

στ) Εποπτεύει και αξιολογεί το έργο των Συμβουλίων Επιτρόπων και καθενός μέλους τους.

ζ) Καθορίζει τα επαγγελματικά δικαιώματα αποφοίτων

η) Ενημερώνει υπεύθυνα τους υποψήφιους φοιτητές και τις οικογένειες τους για τις επιλογές τους (π.χ. δίνει στατιστικά στοιχεία για την επαγγελματική αποκατάσταση και τα επαγγελματικά δικαιώματα των αποφοίτων κάθε τμήματος, κτλ)

ι) Διενεργεί τις πανελλήνιες εξετάσεις, τα αποτελέσματα των οποίων μπορούν (ή οφείλουν;) να λαμβάνουν υπ' όψη τα ιδρύματα για τον προσδιορισμό των εισακτέων

Από τη στιγμή που συγκροτηθεί ο εσωτερικός κανονισμός κάθε πανεπιστημίου, το ΥΠΕΠΘ δεν θα έχει κανένα λόγο πάνω σε εσωτερικά ζητήματα, όπως εκλογές, προαγωγές, μετεγγραφές, τρόπος εισαγωγής φοιτητών, αριθμός εισακτέων (0), σκοπιμότητα δαπανών, κτλ.

{ Η συνήθεια του ΥΠΕΠΘ να ψηφίζει κάθε λίγο νόμους που τροποποιούν το θεσμικό πλαίσιο κάνει περισσότερο κακό παρά καλό. Ο Νόμος Πλαίσιο και οι Εσωτερικοί Κανονισμοί των ιδρυμάτων θα πρέπει να είναι κάτι σαν το Σύνταγμα: να ψηφίζονται με πολλή περίσκεψη και να μεταβάλλονται με δυσκολία. Με την ευκολία ψήφισης νόμων στο πολίτευμα μας, ουσιαστικά ένα άτομο, ο εκάστοτε Υπουργός Παιδείας, έχει τη δυνατότητα να αλλάζει το θεσμικό πλαίσιο με ελάχιστη συναίνεση και αυτό είναι πηγή πολλών προβλημάτων. }