Το τμήμα είναι η βασική λειτουργική μονάδα του πανεπιστημίου και αντιστοιχεί σε μία σαφή περιοχή γνώσης. Τα όργανα του τμήματος είναι: η γενική συνέλευση, ο πρόεδρος, ο αντιπρόεδρος, και το Διοικητικό Συμβούλιο. Το τμήμα μπορεί να διαιρείται σε Τομείς.

Στη ΓΣ συμμετέχουν όλα τα μέλη ΔΕΠ, ένας εκπρόσωπος του ΕΔΤΠ/ΕΔΠ, ένας εκπρόσωπος των προπτυχιακών φοιτητών, και ένας εκπρόσωπος των μεταπτυχιακών φοιτητών. Συνεδριάζει τουλάχιστον μία φορά το εξάμηνο. Η ΓΣ έχει τα εξής καθήκοντα και εξουσίες:

• εκλέγει τον πρόεδρο, τον αντιπρόεδρο, και το ΔΣ
• εγκρίνει το πρόγραμμα σπουδών
• συγκροτεί επιτροπές για τη μελέτη ζητημάτων
• εγκρίνει τις εισηγήσεις επιτροπών του τμήματος

...

Ο πρόεδρος και ο αντιπρόεδρος του τμήματος πρέπει να ανήκουν στις δύο υψηλότερες βαθμίδες και εκλέγονται από τη Γ.Σ. του τμήματος για τριετή θητεία με δυνατότητα μιάς ανανέωσης. Ο αντιπρόεδρος αναπληρώνει τον πρόεδρο σε περίπτωση απουσίας του και εκτελεί καθήκοντα τα οποία ο πρόεδρος ενδεχομένως του μεταβιβάζει. Τα καθήκοντα και οι εξουσίες του προέδρου είναι:

α) διοικεί εν γένει και εκπροσωπεί το τμήμα

β) είναι υπεύθυνος για τα αρχεία του τμήματος

γ) κατανέμει το διδακτικό έργο σε μέλη ΔΕΠ, μετά από γνωμοδότηση των Τομέων

δ) επιβλέπει την εκτέλεση του διδακτικού έργου, δέχεται παράπονα από φοιτητές και μεσολαβεί για την επίλυση διαφορών μεταξύ φοιτητών και διδασκόντων

ε) προεδρεύει της Γ.Σ. και του Δ.Σ.

στ) επιστατεί την κάλυψη των αναγκών σε προμήθειες

ζ) καταρτίζει τον προϋπολογισμό του τμήματος, προς έγκριση από το ΔΣ

η) είναι μέλος της Κοσμητείας

ι) οργανώνει την αξιολόγηση των διδασκόντων από τους φοιτητές

....

Με εισήγηση του Κοσμήτορα και σύμφωνη γνώμη του Πρυτανικού Συμβουλίου, η θέση του Προέδρου ενός τμήματος μπορεί να καλύπτεται μετά από προκήρυξη. Στην περίπτωση αυτή οι υποψήφιοι πρέπει να είναι καθηγητές ή αναπληρωτές καθηγητές σε άλλο ίδρυμα της χώρας ή του εξωτερικού. Η διαδικασία εκλογής είναι παρόμοια με αυτήν της εκλογής μελών ΔΕΠ.

Η ΓΣ του τμήματος εκλέγει επίσης Διοικητικό Συμβούλιο από 4 έως 7 μέλη, ανάλογα με το μέγεθος του τμήματος. Μέλη της ΕΕ μπορεί να γίνουν μόνο μέλη ΔΕΠ από τις δύο υψηλότερες βαθμίδες. Το ΔΣ έχει τα εξής καθήκοντα και εξουσίες:

α) συμβουλεύει τον Πρόεδρο στην εκτέλεση των καθηκόντων του

β) εγκρίνει τον προϋπολογισμό του τμήματος

γ) ασχολείται με ζητήματα προσωπικού, όπως αιτήσεις μελών ΔΕΠ για άδεια

δ) κάνει σύσταση στην Κοσμητεία περί της αίτησης μελών ΔΕΠ για μονιμότητα

....

{ εδώ χρειάζεται ένας καταμερισμός ευθυνών μεταξύ ΔΣ και ΓΣ }

Κάθε τμήμα οφείλει να συντάξει εσωτερικό κανονισμό στον οποίο θα περιλαμβάνεται η τυχόν διαίρεση του τμήματος σε τομείς και η διοικητική οργάνωση αυτών. Επίσης κάθε τμήμα οφείλει να θεσπίσει αντικειμενικά κριτήρια και προδιαγραφές που πρέπει να πληρούν τα μέλη ΔΕΠ κάθε βαθμίδας (αριθμό δημοσιεύσεων, αναφορών, κτλ). Ο εσωτερικός κανονισμός εγκρίνεται από τον Κοσμήτορα και τον Πρύτανη και είναι διαθέσιμος σε όποιον τον ζητήσει.

Το τμήμα οφείλει να συντάσσει επετηρίδα στην οποία θα περιγράφεται το διδακτικό και ερευνητικό έργο του τμήματος. Η επετηρίδα θα δημοσιεύεται στην ιστοσελίδα του τμήματος. Η ιστοσελίδα του τμήματος πρέπει να περιέχει οπωσδήποτε τα βιογραφικά σημειώματα των μελών ΔΕΠ, συμπεριλαμβανομένου και του επιστημονικού τους έργου (επιστημονικές δημοσιεύσεις, καλλιτεχνικά έργα, κτλ). (Προσχέδιο ΥΠΕΠΘ Α.17)